I. felvonás – Nyitány
Virradat előtt. Faust, az idősödő tudós egyedül van dolgozószobájában. Elkeseredetten döbben rá: hiába kutatott egész életén át, semmit sem sikerült megfejtenie a világ titkaiból. Úgy dönt: mérget vesz be és véget vet életének. Meghallja azonban a munkába induló nők és férfiak énekét, akik Istent dicsérik a természet ajándékaiért. „De mit tehet értem ez az Isten? Visszaadja a szerelmet, az ifjúságot, a hitet?” Faust elátkozza a földi boldogságot, a tudományt és a hitet; és a Sátánt szólítja. Megjelenik Mefisztó, akitől a férfi nem gazdagságot, dicsőséget, hatalmat kér, hanem fiatalságot. Mefisztó egy feltétellel teljesíti a tudós kívánságát: szolgálatába áll, ha cserébe odalent majd Faust szolgálja őt. Mefisztó megidézi az eszményi Margit képét, aki azonnal megigézi az idős tudóst. Faust beleegyezik az alkuba, és egy szempillantás alatt elegáns, fiatal úrrá változik.
II. felvonás – Kermesse
Karnevál a város fogadójában. Férfiak és nők búcsúztatják a harcba induló katonákat – köztük Valentint, Margit bátyját is. A lány egy medált ajándékoz fivérének, hogy az vigyázzon majd rá a háborúban. Valentin azonban húga miatt aggódik, mivel rajta kívül nincs más, aki vigyázzon a lányra. Siebel vállalkozik a feladatra, aki alig bírja leplezni Margit iránti szerelmét. Wagner igyekszik gondoskodni a jó hangulatról: énekelni kezd, de egy ismeretlen férfi félbeszakítja... Mefisztó az. Ő is előad egy dalt a társaságnak: egy dalt az aranyborjúról, amelynek lába előtt hever szegény és gazdag, s amely megcsúfolja az Istent. A dal tetszést arat, ám az idegen egyre furcsábban, nyugtalanítóbban viselkedik: egyeseknek szerencsétlenséget jövendöl, majd bort fakaszt. Mikor Margitra emeli poharát, Valentin dühösen kardot ránt, az acél azonban kettétörik a levegőben. A széttört fegyverből keresztet formálva próbálja visszatartani a rajtuk mulató démoni alakot, majd távozik. Faust parancsot ad Mefisztónak: újra látni akarja Margitot. A tömegben meg is jelenik a lány, aki szerényen visszautasítja Faustot, amikor az megszólítja őt. A tömeg megmámorosodva keringőzik.
III. felvonás – A kert
Siebel sóhajtozik Margit után. Virággal akar kedveskedni neki, de – ahogy Mefisztó megjósolta – minden szál elhervad a kezében. Csak akkor múlik el a rontás, amikor a fiú szentelt vízbe mártja a kezét. Végül virágcsokrot hagy a kertben Margitnak szerelmi ajándékul. Mefisztó és Faust érkezik. A démoni szolga magára hagyja urát, hogy gazdag udvarlási ajándék után nézzen: nemsokára egy ékszeres dobozzal tér vissza. Faust, ki nemrég még szerelemittasan sétált imádottjának kertjében, most menekülni szeretne. Mefisztó elhelyezi a lány számára a dobozt.
Margit érkezik nemsokára, aki arról a finom úrról ábrándozik, akit nemrég kikosarazott... Felidézi a thulei király balladáját, de aközben is el-elkalandozik. Végül észreveszi Siebel csokrát, majd megtalálja az ékszeres dobozt is, és nem tud ellenállni a kísértésnek, hogy pár ékszert fel ne próbáljon. Így talál rá Márta asszony, aki meg van győződve arról, hogy csakis egy gazdag udvarló ajándéka lehet ez Margitnak. Mefisztó jelenik meg Fausttal, és igyekszik udvarlással elterelni Márta asszony figyelmét, hogy Faust és Margit egyedül maradhasson. A félénk lány lassan feltárja sorsát a férfinek: bátyja katona, anyját és kishúgát pedig elvesztette. Majd elhagyja a bátorsága, és elszalad. Mefisztó végre megszabadul az őiránta túlzottan érdeklődő Márta asszonytól, és a Szerelmet és az Éjszakát kéri, hogy Margit szívét könnyűvé varázsolják. A lány visszatér, nyomában Fausttal. Igyekszik ellenállni a férfinek, de egyre inkább elhatalmasodik rajta a szerelem. Végül megígéri Faustnak: másnap az övé lesz.
IV. felvonás – A templom; Valentin halála
Faust szégyenben hagyta Margitot. A lány imádkozni megy a templomba, ám egy rettenetes, vádló hang – Mefisztó hangja szól hozzá: kiátkozza a lányt és őrült kétségbeesésbe kergeti. Eközben Valentin érkezik haza a háborúból, és boldogan köszönti Siebelt. Húgát keresi és a házba siet. Faustot visszaűzi a bűntudat Margit házához. Mefisztó gúnyos udvarlónótába fog, mire Valentin, – aki Siebeltől megtudta, mi történt távollétében, – szörnyű dühre gerjedve ront ki a házból: párbajra hívja húga megbecstelenítőjét. Mefisztó segítségével Faust legyőzi Valentint, majd elmenekülnek. Margit és polgárok szaladnak a halálos sebet kapott Valentinhoz: a férfi megátkozza húgát, majd meghal.
V. felvonás – Walpurgis-éj; A börtön
Mefisztó a Harz-hegységbe vezette Faustot, ahol a Walpurgis-éjt ünneplik a korok királynői és kurtizánjai. Faust felejteni akar és elmerül az élvezetekben. Egyszer csak Margit szelleme jelenik meg neki. Faust megretten, és azonnal látni akarja a lányt. Mefisztó Margithoz viszi Faustot: a börtönbe, ahol a lány kivégzésére vár, mivel megölte gyermekét. Faust könyörög Margitnak, hogy szökjön el velük, ám a lány nem hallgat rá: bár elméje zavart, nem hajlandó Mefisztót követni; Isten bocsánatáért esedezik, őnéki ajánlja magát. Lassan felkel a nap. Faust és Mefisztó távoznak.
Apoteózis
A húsvéti harangok zúgásának kíséretében Margit lelke az égbe száll. Mennyei kórus dicsőíti az Istent.